V Botanické zahradě a arboretu jsou tyto části
1. Okolí správní budovy
1.1. Správní budova a učebny
1.2. Skleníky
1.3. Tranšeje
2. Jižní svahy
2.1. Středomoří
2.2. Kavkaz
2.3. Jihovýchodní Evropa
2.4. Severní Amerika
2.5. Step jihovýchodní Evropy
2.6. Rokle
2.7. Sbírka lomikamenů
2.8. Alpinkový skleník
2.9. Terasy
3. Centrální část
3.1. Sbírka vrb
3.2. Vodní kaskáda
3.3. Duby a skalníky
3.4. Pergoly
3.5. Denivky
4. Staré arboretum
4.1. Vždyzelený svah
4.2. Východoasijské trvalky
4.3. Původní sbírka dřevin
4.4. Alpinum
4.5. Rostliny jižní polokoule
4.6. Zahrada Vysočiny
4.7. Meteorologická stanice
5. Botanický systém
5.1. – 5.8. Rostliny léčivé, užitkové, jedovaté, letničky, domácí flóra, traviny
5.9. Zahrada pro nevidomé
5.10. Zahrada miniatur
5.11. Jednoděložné
5.12. Hvězdnicovité
5.13. Pryskyřníkovité
5.14. Růže
